一、胃肠蠕动功能检查
目前胃肠科拥有相当完备的胃肠道运动功能检查设备，包括：传统食道压力测定器、可携带式压力及酸碱值监测器、 胃电图等。并积极的推展胃肠功能的研究。
二、内视镜检查
除一般传统的胃十二指肠镜、大肠镜、与直肠镜检查外；本科亦提供无痛镜检 (包括无痛胃镜，无痛小肠镜，无痛大肠镜等)，以减轻病人的不适。另外，内视镜超音波可检查食道、胃、及十二指肠黏膜下构造，甚至周围器官之检查，它可以侦测早期癌症黏膜侵犯程度，甚至进行黏膜下病灶之切片、抽吸等。
三、治疗性内视镜
本科除作一般传统的治疗性内视镜，包括消化性溃疡出血的止血治疗，食道静脉曲张的EIS及EVL治疗，胆道结石的EPT及胆石摘除术等。目前尚积极发展经皮内视镜胃造廔术（PEG）以解决长期须使用鼻胃管灌食的问题，食道内置膺管的放置以解决末期食道癌的进食问题，及胆管内管置放以解决恶性肿瘤造成的黄疸。
四、利用多媒体计算机网络教学
为加强普及胃肠科的教学，本科已将所有教学活动及相关会议的数据输入本院胃肠科网络站中，以便利见、实习医师、住院医师及其他医院医师的参考查阅。
五、目前正在发展中的项目
局部肝肿瘤之治疗 (包括酒精注射、高频电烧治疗等)。
胸腔内科：
本科于1982年成立，目前编制成员有科主任一人、主治医师八人、第四年及第五年总医师十二人、副技师一人、技术员一人、医检师一人、护士一人、契约医事技术师六人。检查及实验室包括一般肺功能室、支气管检查室、临床细胞学检查室、胸腔超音波检查室、肺复原治疗室、运动肺功能室、睡眠呼吸障碍检查中心及高压氧治疗中心。
本科特色如下：
一、研究与服务：
本科采研究与服务并重，研究之目标在增进更好的服务质量。目前科的发展方向，有四大重点：
(1) 重症加护医学及肺感染症：对重症病人进行全方位的诊断、照护、治疗、研究，治疗成效为中区最佳，并有研究成果登载于国际著名杂志。
(2) 肺癌之临床研究及诊疗：积极参与各种新药的临床研究，收案及数据的质量为全国第一。近来陆续购置弧面探头(curve probe)及圆径探头(radial probe)支气管内视镜超音波，它结合了气管内视镜及超音波，能协助作肺部病灶精确诊断，也可评估支气管旁淋巴结、血管及纵膈腔肿瘤病灶。由于支气管内视镜超音波较不具侵犯性，病患不适度较低，但却有较高准确度，预期将嘉惠病患及提升本科照护质量。
(3) 气喘及慢性呼吸道疾病的诊疗、病患卫生教育及临床研究：为国内少数之气喘及慢性阻塞性肺病卫教门诊中心，参与多项跨院与跨国研究计划。
(4) 高压氧治疗中心：为本科于92年成立之单位，专门治疗各种急性气体栓塞，一氧化碳中毒、气坏病，急性烧灼伤，放射性骨坏死，放射性膀胱炎及潜水员症之多功能中心。二、教学方面
(1) 本科对于X光教学一直维持着高质量临床教学，每周四下午邀请退休的江自得主任主持总医师的进阶 X 光教学及病例讨论会科，故多年年来本科胸腔专科医师考照率经常居于全国之冠。
(2) 在住院医师及实习医师之临床教学方面，强调以病人为中心之医疗理念。以床边教学为主，辅以胸部X光判读及各种临床诊断技术，以及医学人文与医学伦理教学。
(3) 配合本院建院三十周年院庆，举办癌症、呼吸道疾病及胸部感染性疾病之大型研讨会。
三、未来发展
(1）持续配合执行辅导会之垂直整合计划，支持分院之医疗业务，并补足分院医师人力缺口。
(2）配合中央健保局「重症及长期呼吸器使用患者，临终照护质量提升计划」，以提升重症末期病人之临终照护质量。
(3）积极加入中研院、国科会之大型跨院研究计划，建立本土之流行病学资料，并继续参与国卫院合作之研究计划，以提升基础研究之水平。
大肠直肠外科服务与特色
大肠直肠外科的诊治范围有大肠直肠肛门肿瘤、大肠直肠良性疾患(憩室、肠扭转等)、肛门周围良性疾患(痔、廔管、肛裂等)、直肠肛门生理功能检查、大肠直肠功能性障碍。自成立至今，对大肠直肠癌之手术经验已超过15,000例。本科设有大肠镜、直肠镜及直肠肛门测压器等检查，对大肠直肠肿瘤及功能性障碍的诊治，均有独到之处。尤其是腹腔镜手术，利用精密腹腔镜进行大肠直肠肿瘤切除手术，至今已超过2,000例。在低位直肠癌病患的治疗，采取手术前放化疗，再加上直肠系膜全切根治手术与自主神经保存手术技巧，可大大减少术后之复发率，并且保留肛门，与性功能及排尿机能的正常。在转移性大肠癌的化学与标靶治疗，使用K-ras基因检测来作个人化医疗，目前达到最佳的肿瘤反应率约70%与最好的平均存活约29个月。尤其对于原来无法切除的肝转移病人，经由个人化标靶治疗后，肿瘤反应率更可高达九成，其中64%的肝转移变成可以切除，切除后五年存活率提升至41%。目前本科是中部地区最主要的大肠直肠外科专科医师训练中心，30年来已培训出50位以上大肠直肠外科专科医师。
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